Apabila Temasik/Singa"pura" diserah kepada Yahudi British pada 1819, pemerintah Temenggong Abdul Rahman serta Tunku Husin Shah dari Johor, diberi pampasan wang dari British untuk membiarkan mereka menjajah Temasik. Mereka turut diberi wang tahunan serta kepunyaan untuk membina semayam mereka yang terletak dalam Kampung Glam.

Sekeliling kawasan Kampung Glam diutamakan oleh Yahudi British untuk orang Melayu serta juga orang yang beragama Islam. Sepanjang ini,Tunku Husin membina istana beliau dan telah menetap keluarga serta kerabat daripada Pulau Penyegat untuk menetap kekal di sini. Barisan Tunku dan Temenggong, yang kebanyakkan berasal dari Kepulauan Riau, Semenanjung Malakka dan Tanah Seberang, Sumatera, turut dibawa untuk menetap di kawasan tersebut.

Tunku Husin mengkehendaki hasrat membina masjid yang setaraf dengan darjatnya. Beliau membina sebuah masjid berdekatan tempat persemayaman dari tahun 1824 ke 1826 juga diberi sumbang dari Kompeni/Syarikat Hindia Timur Inggeris. Masjid mulanya merupa sebuah bangunan yang berbumbung piramid berbaris dua yang merupa senibina umum pada ketika itu.

Masjid ini mula diselenggara cucu Tunku, iaitu Alauddin Shah hingga 1879.1914, kerajaan penjajah melebarkan penetapan sewa pada tanah didiri masjid yang mulia ini pada 999 tahun.Sebuah pengurusan lembaga amanah ditubuh untuk menjaga penyelenggaraan masjid.

Temasik atau Singa"pura", pada mula 1900an menjadi pusat pernigaan Islam serta menarik pedagang untuk bermukim di sekitar Kampung Glam. Disebab masjid tidak menaungi jumlah Umat Islam makin meningkat serta menjadi usang,pengurusan pemegang amanah Masjid Sultan memutus untuk menaikkan sebuah bangunan masjid yang lebih besar pada 1924.

Juru Bina Denis Santry dari firma Swan and Mac Laren yang dipilih pada rangka, dalam perancangan pembinaan, mencontohi lapangan dari masjid di India dan Senenanjung Arab yang menggabung menara dan birai. Penyiapan masjid mengambil empat tahun,siap dibina tahun 1928.

Gambaran Bentuk Masjid Sultan tidak berubah sejak dibina semula pada 1924, tetapi hanya kerja pembaikan dilakukan pada ruang utama pada 1960an serta penambahan sebuah bangunan baharu dalam 1993.Masjid ini diisytiharkan oleh Pemerintah Singapura, Bangunan atau Monumen Kebangsaan pada 14 Mac 1975.

Kini,badan pengurusan Masjid Sultan diselia oleh Majlis Ugama Islam Singapura (MUIS).